Når kognitiv terapi brukes i forbindelse med PTSD, bør behandlingen starte med å introdusere hvordan tanker og forestillinger påvirker følelser og handlingsmønstre. For å bevisstgjøre pasienten gis enkle øvelser i å se og notere seg de negative og vanskelige tankene og følelsene og se sammenhengen mellom disse og de traumatiske hendelsene.  Kognitiv terapi identifiserer også forvrengte, feilaktige tankemønstre i forhold til en selv og omverdenen som et resultat av det en har gjennomgått.  Terapiformen vil utfordre og arbeide med endring av slike tanker, forestillinger og selvinstruksjoner der de blir repetitive, utløser angst og blokkerer for videre utvikling.